电子会计档案管理系统的功能模块是衡量其性能的重要指标之一。企业应根据自身的实际需求，选择具备相应功能模块的系统。一般来说，一个完整的电子会计档案管理系统应包括凭证管理、账簿管理、报表生成、税务处理等基本功能。此外，随着企业业务的拓展和深化，系统还可能需要具备预算管理、成本控制等高级功能。因此，企业在选型时应充分考虑未来的发展需求，选择具备良好可扩展性的系统。